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1937年，苏联微生物学家克拉西尼科夫和密苏斯金研制了“固氮菌剂”。从而开创了细菌肥料的先河，由于种种原因，这种微生物肥料都先后停止了大规模生产。1940年前后，亚洲研制了一种以蓝细菌（藻类）为主而用于稻田的生物肥料。其在持续农业中仍然发挥着巨大的作用。
有机肥俗称农家肥，包括以各种动物、植物残体或代谢物组成，如人畜粪便、秸秆、动物残体、屠宰场废弃物等。另外还包括饼肥（菜籽饼、棉籽饼、豆饼、芝麻饼、蓖麻饼、茶籽饼等）；堆肥；沤肥；厩肥；沼肥；绿肥等。主要是以供应有机物质为手段，借此来改善土壤理化性能，促进植物生长及土壤生态系统的循环。
堆肥：各类桔秆、落叶、青草、动植物残体、人畜粪便为原料，按比例相互混合或与少量泥土混合进行好氧发酵腐熟而成的一种肥料。沤肥：沤肥所用原料与堆肥基本相同，只是在淹水条件下进行发酵而成.厩肥：指猪、牛、马、羊、鸡、鸭等畜禽的粪尿与秸秆垫料堆沤制成的肥料.沼气肥：在密封的沼气池中，有机物腐解产生沼气后的副产物，包括沼气液和残渣。绿肥：利用栽培或野生的绿色植物体作肥料。
有机肥与化肥相比：
1， 生物有机肥营养元素齐全；化肥营养元素只有一种或几种。
2，生物有机肥能够改良土壤；化肥经常使用会造成土壤板结。
3，生物有机肥能提高产品品质；化肥施用过多导致产品品质低劣。
4， 生物有机肥能改善作物根际微生物群，提高植物的抗病虫能力；化肥则是作物微生物群体单一，易发生病虫害。
5， 生物有机肥能促进化肥的利用，提高化肥利用率；化肥单X使用易造成养分的固定和流失。
