微波杀菌是利用电磁波的热效应和生物效应共同作用下的结果。微波热效应是指生物细胞是由水、蛋白质、核酸,碳水化合物,脂肪和列机物等复杂化合物构成的一种凝聚态介质。该介质在强微波场的作用下,温度升高。其空间结构发生变化或破坏,蛋白质变性,影响其溶解度、粘度、膨胀性、稳定性,从而失去生物活性。